|
|
Úloha cyklofilinů v sestřihu
Cit, Zdeněk ; Půta, František (vedoucí práce) ; Novotný, Ivan (oponent)
Sestřih je proces nezbytný pro správné fungování eukaryotických buněk. Jedná se o velice složitý a dynamický děj, na němž se podílí velké množství proteinů, které plní různorodé funkce buď přímo uvnitř sestřihového komplexu, nebo i mimo něj. Mezi proteiny, které v sestřihu plní důležitou úlohu, patří nepochybně i cyklofiliny. Ty pravděpodobně způsobují konformační změny ostatních komponentů sestřihového komplexu, nebo je udržují v požadovaných konformacích, čímž přispívají k dynamice spliceosomu. Tato práce poskytuje přehled cyklofilinů, u nichž byl potvrzen podíl na sestřihu pre-mRNA, a shrnuje návrhy možných funkcí, jež tyto proteiny mohou v sestřihu zastávat.
|
|
|
Structural characterisation of Prp45 and its interaction partners
Kulhánková, Lucie ; Novotný, Marian (vedoucí práce) ; Kostovčíková, Klára (oponent)
Prp45 je SNW protein, který je součástí spliceozomu, a tedy se účastní sestřihu pre-mRNA na mRNA. Ve spliceozomu se Prp45 přidává před sestřihovými reakcemi jako součást NTC komplexu. Prp45 má několik známých interakčních partnerů (například U2AF, Cyp2, Prp5, Prp22, Clf1 a Cwc3). Tyto proteiny mají ve spliceozomu mnoho funkcí od jeho stabilizování po regulaci sestřihových reakcí. Spliceozom se skládá z několika desítek proteinů a několika RNA a při vykonávání své funkce prochází masivními strukturními proměnami. O struktuře spliceozomu bylo až do nedávna známo velice málo, nicméně nedávné studie nám poskytují pohled do interakční sítě toho komplexu. V této práce jsme se soustředili na identifikaci jak dříve navržených tak nových interakčních partnerů Prp45. S využitím dostupných spliceozomálních struktur jsme se pokusily tyto proteiny popsat strukturně a funkčně. Klíčová slova: sestřih, Prp45, 3D struktura, spliceozom, vazební partneři
|
|
|
Působení SR-like proteinů při maturaci a vedení mRNA do cytoplazmy
Hájková, Karolína ; Abrhámová, Kateřina (vedoucí práce) ; Staněk, David (oponent)
Mezi skupinu proteinů účastnících se sestřihu transkriptů u metazoí patří tzv. SR proteiny. Jedná se o RNA-vazebné proteiny, pro které je charakteristická přítomnost domény bohaté na serin a arginin. Kvasinka Saccharomyces cerevisiae kóduje geny pro proteiny, které jsou svým aminokyselinovým složením a strukturou podobné skupině SR proteinů a jsou proto označovány jako SR-like proteiny. Jedná se o tři proteiny s doménou RS: Npl3, Gbp2 a Hrb1. Ukazuje se, že tyto proteiny zastávají více funkcí, mezi něž kromě sestřihu patří i kontrola kvality sestřižených mRNA a jejich export z jádra do cytoplazmy. Tato bakalářská práce se bude zabývat právě těmito třemi kvasinkovými proteiny a jejich rolí v sestřihu, exportu a degradaci.
|
|
|
Extraribosomální funkce ribosomálních proteinů
Gredová, Alexandra ; Folk, Petr (vedoucí práce) ; Roučová, Kristina (oponent)
Význam ribosomálních proteinů není relevantní pouze z hlediska umožnění proteosyntézy, jejich funkce se projevují i mimo kontext ribosomu ve smyslu extraribosomálních funkcí. Tato práce je zaměřena především na extraribosomální funkce proteinů vyšších eukaryot. Konkrétněji rozebírá tři ribosomální proteiny, L13a, L22 a S3, které ilustrují několik zajímavých aspektů extraribosomálních funkcí. Přehledně shrnuje mechanismy působení těchto proteinů a jejich projevy na různých úrovních genové exprese. Klíčová slova: extraribosomální funkce, L13a, L22, S3, p53, NF - κB, sestřih
|
|
|
Structural characterisation of Prp45 and its interaction partners
Kulhánková, Lucie ; Novotný, Marian (vedoucí práce) ; Kostovčíková, Klára (oponent)
Prp45 je SNW protein, který je součástí spliceozomu, a tedy se účastní sestřihu pre-mRNA na mRNA. Ve spliceozomu se Prp45 přidává před sestřihovými reakcemi jako součást NTC komplexu. Prp45 má několik známých interakčních partnerů (například U2AF, Cyp2, Prp5, Prp22, Clf1 a Cwc3). Tyto proteiny mají ve spliceozomu mnoho funkcí od jeho stabilizování po regulaci sestřihových reakcí. Spliceozom se skládá z několika desítek proteinů a několika RNA a při vykonávání své funkce prochází masivními strukturními proměnami. O struktuře spliceozomu bylo až do nedávna známo velice málo, nicméně nedávné studie nám poskytují pohled do interakční sítě toho komplexu. V této práce jsme se soustředili na identifikaci jak dříve navržených tak nových interakčních partnerů Prp45. S využitím dostupných spliceozomálních struktur jsme se pokusily tyto proteiny popsat strukturně a funkčně. Klíčová slova: sestřih, Prp45, 3D struktura, spliceozom, vazební partneři
|
|
| |
|
|
Vliv sekvencí intronů na efektivitu sestřihu v Saccharomyces cerevisiae.
Oplová, Michaela ; Půta, František (vedoucí práce) ; Malcová, Ivana (oponent)
Sestřih pre-mRNA je vysoce regulovaným buněčným procesem. Regulace tohoto procesu vyplývá ze současné souhry spliceosomu a dalších sestřihových faktorů, které dokážou interpretovat cis-elementy molekuly pre-mRNA. Krátké konzervované sestřihové sekvence intronu představují základní a nezbytné elementy pro vystřižení intronových sekvencí z primárního transkriptu, přesto ale nejsou dostatečnými prvky intronu pro efektivní proces sestřihu. Další vlastnosti molekuly pre-mRNA zasahují do složité regulace sestřihu. Ve své práci se zabývám vlivem sekvencí intronů z genů ACT1 a MAF1 na efektivitu sestřihu v buňkách s narušeným spliceosomem (prp45(1-169)). Výsledky ukazují regulační úlohu oblasti intronu genu ACT1 mezi místem větvení (BP) a 3' sestřihovým místem (3'ss), která udržuje efektivní sestřih v mutantních buňkách. Konkrétní element intronu genu ACT1 v oblasti BP-3'ss však nebyl identifikován. Ve své práci dále ukazuji, že alternativní BP sekvence nacházející se v intronu genu ACT1, která je lokalizována mimo oblast BP-3'ss, je dalším elementem, který moduluje efektivitu sestřihu u kvasinky Saccharomyces cerevisiae. Práce se dále věnuje sestřihovým faktorům, které by mohly figurovat v mechanismu výběru 3'ss. Na umisťování 3'ss do aktivního centra spliceosomu se významně uplatňuje heterodimer proteinů...
|
|
|
Úloha cyklofilinů v sestřihu
Cit, Zdeněk ; Půta, František (vedoucí práce) ; Novotný, Ivan (oponent)
Sestřih je proces nezbytný pro správné fungování eukaryotických buněk. Jedná se o velice složitý a dynamický děj, na němž se podílí velké množství proteinů, které plní různorodé funkce buď přímo uvnitř sestřihového komplexu, nebo i mimo něj. Mezi proteiny, které v sestřihu plní důležitou úlohu, patří nepochybně i cyklofiliny. Ty pravděpodobně způsobují konformační změny ostatních komponentů sestřihového komplexu, nebo je udržují v požadovaných konformacích, čímž přispívají k dynamice spliceosomu. Tato práce poskytuje přehled cyklofilinů, u nichž byl potvrzen podíl na sestřihu pre-mRNA, a shrnuje návrhy možných funkcí, jež tyto proteiny mohou v sestřihu zastávat.
|
|
| |
host ::
RSS.